Bei sehr schweren allergischen Beschwerden wird das entzündungshemmende Kortison, ein Glukokortikosteroid, eingesetzt. Kortison ist und bleibt das best wirksame Antiallergikum, auch wenn die früheren Kortisonmedikamente wegen potenzieller Nebenwirkungen und hoher Dosierungen stark in Verruf geraten sind. Unter ärztlicher Kontrolle sind Kortisonmittel aber nicht gefährlich und nahezu nebenwirkungsfrei. In Tabletten und Augentropfen sollte man Kortison jedoch nur kurzzeitig verwenden, sie sind nur bei sehr schweren Symptomen zu verabreichen. Als Nasenspray ist die Anwendung über drei Monate möglich. Kortison ist ein Hormon, das in der Lage ist, Entzündungen zu unterdrücken und die Schleimhäute zu schützen. Nasensprays oder -salben mit Kortison stellen insbesondere bei Heuschnupfen eine große Erleichterung für den Allergiker dar, da sie zum Abschwellen der Nasenschleimhäute sehr schnell wirken. Allergisch bedingte Ekzeme werden sehr häufig mit kortisonhaltigen Salben (topisch) behandelt. Daneben wirken Kortisonpräparate einer Entwicklung von allergischem Asthma entgegen. Mittels eines Spraygerätes wird Kortison inhaliert und wirkt hier auch nur in der Lunge selbst, sodass Nebenwirkungen ausgeschlossen werden können. Da aber auch ein Teil des Sprays im Mund verbleibt, ist es ratsam, nach dem Sprayen den Mund gut auszuspülen, damit es nicht zu den möglichen Nebenwirkungen wie Heiserkeit und Mundpilzen kommt. Gelegentlich kommt es unter der Einnahme von Glukokortikosteroiden zu Nasenbluten und trockenen Schleimhäuten. Die Dosierung des Kortisons in derartigen Salben ist sehr gering und dringt kaum in den Körper ein und wirkt somit auch nur in der Haut. In allergischen Notfällen, wie einem allergischen Schock, ist die Kortisongabe, meist per Injektion, unumgänglich. Generell sollten kortisonhaltige Medikamente erst zum Einsatz kommen, wenn andere Präparate nicht mehr hilfreich sind.
Topische Kortikosteroide sind bei Entzündungen der Nasenschleimhaut stärker wirksam als orale Antihistaminika. Bei allergischen Augensymptomen besteht der umgekehrte Fall, weswegen es häufig sinnvoll ist, eine Kombination aus Glukokortikoiden und Antihistaminika zu wählen.